专项资金审计是审计部门对专项资金收入支出信息真实性、合法性和效益性开展的监督活动。专项资金审计只针对某项资金的收入支出活动进行审查，一般来说不需要涉及到被审计单位的其他财政财务收支活动。那么，进行专项资金审计的方法有哪些呢？
1、顺藤摸瓜法
通过跟踪资金运动的轨迹，追查每一笔资金的背景，顺着资本流动，资金追逐，涉及到哪个单位检查哪个单位，始终检查资金的目的。这是专项资金审计较基础、有效的办法，但耗时费力，工作强度大。所以，具有丰富经验和较高判断能力的审计人员应突出重点，挑选异常资金进行审计。
2、调查法
此方法比较适用于发现账外线索和核查发票审计，是获得账外审计线索或审计证据有效的办法。在审计过程中，审计人员觉得被审计单位存在账外收入或支出账单中的虚假发票，理应采用扩展调查的方法进行核实。首先，制定调查计划，安排调查对象、谈话技巧、调查方法、调查内容和调查对象；其次，调查应与被审计单位分独立开展。
3、银行存款核对法
比较适用于专项资金的审计，是发现专项资金转移和挪作他用的重要途径。我们不仅要检查余额和未付账户，还要检查每个金额。对于不一致的资金或相一致但觉得有异常的资金，我们应进行扩展审计开户银行和另一方单位，以查明专项资金的具体使用情况。
4、分析性复核法
分析性复核是指审计人员分析被审计单位的重要比例或趋势，主要目的是发现异常事件和数据，是审计人员综合判断的基础。如有必要，应适当增加审计程序，以调查分析中发现的差异，特别是异常变化。